1980年代に入って、新たに微生物が主役の食物連鎖が提案されました。これは、「微生物ループ」と呼ばれ、湖沼・海洋の沖に発達するプランクトン食物連鎖では微生物ループが物質循環に重要な機能を担っていることが、今日分かっています。微生物ループとは、植物プランクトンが光合成の中間代謝物や自己の分解物として排出する溶存態有機物を細菌が栄養基質（餌）として利用し，細菌を原生動物が捕食し，さらに原生動物が甲殻類等の大型動物プランクトンに捕食されることによって生食連鎖につながるとする考えです。また、微生物ループを経ると、有機物の一部は分解されます。従って，微生物ループの働きには，生態系において高次の動物へ物質を供給する機能と有機物を分解する機能という２つの側面があることになります。つまり，これまで単に分解者として位置づけられていた細菌や原生動物は，実は微生物ループを介して動物プランクトンの餌資源としても貢献すると考えられるようになりました。一方、海洋や湖沼のプランクトンの食物連鎖では、植物プランクトンが動物プランクトンに食べられる「生食連鎖」も働いています。つまり、水域の食物連鎖では、従来良く知られている生食連鎖と、微生物ループが相互に関係し合いながら全体の生態系を形作っているのです。