News お知らせ
2024.4.5
メンバーを更新しました。
2024.3.18
工藤教授が第71回日本生態学会大会にて、第22回 日本生態学会賞を受賞されました。おめでとうございます！
講演タイトル「植物の分子フェノロジー」大会ホームページ
ギャラリーを更新しました。
2024.2.29
工藤教授が参画する国際先導研究「植物生殖の鍵分子ネットワーク（KEPLR）」の第8回セミナーが生態研で行われ、工藤教授と湯本原樹さん、本庄研の吉田直史さんが発表しました。
ギャラリーを更新しました。
2024.2.15
竹内航さん（京大・院農・植物栄養学）にお越しいただきご講演いただきました。
「鉄と活性酸素が植物の低温ストレス障害に及ぼす影響」
2024.1.12
第352回生態研セミナー（工藤研担当）が行われました。
久保田茜博士（奈良先端大）「野外環境下の気温変動に対する花成制御機構（Molecular basis of flowering regulation in response to temperature fluctuation under field environment）」
吉竹良洋博士（京大・生命）「陸上植物の光周期依存的な成長相転換機構の進化 (Evolution of the photoperiod-dependent growth phase transition mechanisms in land plants)」
久保田さん、吉竹さんから最新の研究成果についてご講演いただきました。
2023.11.13
Biva Aryal博士（Tribhuvan University, Nepal）が3ヶ月間工藤研に滞在して研究を行われます。Bivaさんの歓迎会を行いました。
ギャラリーを更新しました。
2023.11.6
研究員の湯本原樹さんが３ヶ月間イギリス（John Innes Centre）の共同研究者のもとで研究されます。
2023.10.24
研究員の守屋健太さんがIRN France-Japan Frontiers in Plant Biology 2023（IRN FJFPB2023）でBest Poster Presentation Awardを受賞されました。 おめでとうございます。
2023.9.22
業績を更新しました。チューリヒ大学・横浜市大の清水健太郎研究室を中心とした共同研究の成果がNature Communications に掲載されました。
ミヤマハタザオ（4倍体）とその両親種ハクサンハタザオ（２倍体）、セイヨウミヤマハタザオ（２倍体）および人工倍数体を屋外の自然条件で生育させ、400万枚の時系列自動撮影画像をもとに、アントシアニン蓄積の環境応答を解析しました。自然条件下での長期画像モニタリングは様々な困難が伴いますが、撮影装置の工夫と深層学習を利用した解析により、それを克服しました。両親の２倍体ゲノムを統合した応答を４倍体が持つことが明らかとなり、倍数化による進化において、自然条件下で機能する新規な環境応答が獲得されることが示されました。
実験はスイスと日本の２か所で行われ、日本側の実験は生態学研究センターの圃場で実施されて、工藤研研究員の杉坂次郎さんが担当しました。
この研究は生態学研究センターの共同研究aのサポートを受けており、共同利用・共同研究拠点活動の一つとしても大変意義深い成果です。
Akiyama R, Goto T, Tameshige T, Sugisaka J, Kuroki K, Sun J, Akita J, Hatakeyama M, Kudoh H, Tanaka K, Tonouchi A, Shimahara Y, Sese J, Kutsuna N, Shimizu-Inatsugi R, Shimizu KK (2023) Seasonal pigment fluctuation in diploid and polyploid Arabidopsis revealed by machine learning-based phenotyping method PlantServation.
Nature Communiations 14, 5792
(京大プレスリリース)
(木原研プレスリリース)
(Journal)
2023.9.12
村中智明さん（名古屋大学・元工藤研）が第21回日本時間生物学会奨励賞を受賞されました。 おめでとうございます。
2023.1.2
業績を更新しました。
榮村奈緒子さん（鹿児島大学・元工藤研）の論文がAnnals of Botanyに掲載されました。 中果皮がコルク化して海流散布される果実を持つ個体と液果で鳥散布される果実を持つ個体との２型があるクサトベラの集団遺伝構造を調べたところ、 琉球列島の離れた島間の砂浜集団が互いに遺伝的に混合しているのに対し、崖の集団は島毎に遺伝的に分化していることがわかりました。 果実形態とランドスケープの相互作用が植物集団の遺伝構造を決定していることを示す例として注目されます。Emura N, Muranaka T, Iwasaki T, Honjo MN, Nagano A, Isagi Y, Kudoh H (2022) Effects of fruit dimorphism on genetic structure and gene flow in the coastal shrub Scaevola taccada. Annals of Botany mcac138 (Journal)
2022.12.22
業績を更新しました。
西尾治幾さん（滋賀大学・元工藤研）と工藤教授が執筆したFLCの発現調節に関するレビューがCurrent Opinion in Genetics & Developmentに掲載されました。
Nishio H, Kudoh H (2023) Distinct responses to autumn and spring temperatures by the key flowering-time regulator FLOWERING LOCUS C.
Current Opinion in Genetics & Development 78, 102016 (Journal)
2022.8.25.
本庄研究室D1の大坪雅さんが『Plant Microbiota Research Network』（PMRN）のオンラインシシンポジウムPMRN2022 (2022.8.22開催)でポスター賞を受賞されました。 おめでとうございます。
2022.8.25.
業績を更新しました。
工藤研の研究員だった村中智明さんとの共著論文が掲載されました。
水田雑草の短日植物であるアオウキクサについて、花成の限界日長が生息地の気候や水田の湛水時期に応じて多様化していること、限界日長と概日リズム周期が相関を示すことが明らかとなりました。de novo RNA-seq解析からは、FT遺伝子が日没から何時間後に発現するかが限界日長の決定に重要だと示唆されました。概日時計の周期変化に伴う下流遺伝子の発現タイミングの変化が、局所適応において重要な役割を果たす可能性があります。
Muranaka T, Ito S, Kudoh H, Oyama T (2022)
Circadian-period variation underlies the local adaptation of photoperiodism in the short-day plant Lemna aequinoctialis. iScience 25: 104634 (Journal)
2022.2.10.
研究室M2の菅原佳奈子さん、田島幸太郎さんの修士論文発表会が、理学部セミナーハウスで行われました。
2022.2.2.
研究室D3の湯本原樹さんの博士論文公聴会が、理学部セミナーハウスで行われました。
2021.03.10
業績を更新しました。
博士課程の湯本原樹さんの論文がOecologia誌に掲載されました。
伊吹山のハクサンハタザオが、葉面ワックスで水をはじくことで春先の凍結から花芽を守っていることを示した研究です。
Yumoto G, Sasaki-Sekimoto Y, Aryal B, Ohta H, Kudoh H (2021) Altitudinal differentiation in the leaf wax-mediated flowering bud protection against frost in a perennial Arabidopsis . Oecologia 195(3), 677-687 (Journal)
2021.02.18
業績を更新しました。
スイス・チューリヒ大学の清水ラボの秋山さんらとの共同研究の論文がNew Phytologist誌 に掲載されました。
ニッチの異なる2種に由来する異質4倍体Cardamine flexuosaと両親種との生育環境からトランスクリプトームまでを比較した研究です。
Akiyama R, Sun J, Hatakeyama M, Lischer H E L, Briskine R V, Hay A, Gan X, Tsiantis M, Kudoh H, Kanaoka M M, Sese J, Shimizu K K, Shimizu‐Inatsugi R (2021) Fine‐scale empirical data on niche divergence and homeolog expression patterns in an allopolyploid and its diploid progenitor species. New phytologist 229: 3587–3601 (Journal)
2020.09.29
業績を更新しました。
研究員の西尾治幾さんの論文がScientific Reports誌に掲載されました。
多年生のハクサンハタザオは生殖後も生育するため、「花成誘導の仕組み」と同時に、「栄養成長に戻るために花成を抑える仕組み」である花成抑制遺伝子 AhgFLC の再活性化が起こります。私たちは、抑制型ヒストン修飾が AhgFLC の再活性化を穏やかにすることで、これら２つの相反する仕組みの合間を縫うようにして植物が花を咲かせることを、分子実験と数理モデリングを用いて示しました。
Nishio H, Iwayama K, Kudoh H (2020) Duration of cold exposure defines the rate of reactivation of a perennial FLC orthologue via H3K27me3 accumulation. Scientific Reports 10, 16056. (Journal)
2020.08.31
業績を更新しました。
研究員の西尾治幾さんの論文がNature Plants誌に掲載されました。
ハクサンハタザオの自然集団において、ヒストン修飾（活性型修飾H3K4me3と抑制型修飾H3K27me3）の季節動態・日内動態を、全遺伝子レベルで解析しました。そして、バイオインフォマティクス解析により、変動環境下において頑健な遺伝子制御を実現する仕組みを明らかにしました。また、本研究の対象であるハクサンハタザオの写真がNature Plants誌のホームページの表紙（9月号）に採用されました。
Nishio H, Nagano AJ, Ito T, Suzuki Y, Kudoh H (2020) Seasonal plasticity and diel stability of H3K27me3 in natural fluctuating environments. Nature Plants 6, 1091–1097. (Journal)
2020.08.06
業績を更新しました。
工藤研出身の荒木希和子さんの論文が掲載されました。
地下茎を持つアブラナ科草本コンロンソウのトランスクリプトーム解析より、地下茎の遺伝子発現レベルでの特徴を示しました。特に地下茎において、防御応答に関わるER-bodyの存在が確認されました。
Araki KS, Nagano AJ, Nakano RT, Kitazume T, Yamaguchi K, Nishimura-Hara I, Shigenobu S, Kudoh H (2020) Characterization of rhizome transcriptome and identification of a rhizomatous ER body in the clonal plant Cardamine leucantha. Scientific Reports 10:13291. (Journal)
2020.06.13
業績を更新しました。
工藤研出身の神谷麻梨さんの論文が掲載されました。
ハクサンハタザオの自然集団で新たに発見したウイルスの完全ゲノムを決定しました。
2020.05.03
業績を更新しました。
研究員の西尾治幾さんの論文がNature Communications誌に掲載されました。
ハクサンハタザオのFLC遺伝子座におけるヒストン修飾（活性型修飾H3K4me3と抑制型修飾H3K27me3）の動態を自然集団で2年間追跡しました。両ヒストン修飾の相互作用により遺伝子発現が安定的に長期変化すること、さらに春に遺伝子領域全体にH3K27me3が蓄積することによりFLC遺伝子の発現が低温に不感となることを見出しました。この仕組みがラチェットのように機能して、春の温度変化が激しい中でも多年草が安定的にフェノロジーを進行させると考えられます。
タネツケバナは春～秋に開花し、タチタネツケバナは春にのみ開花します。日長と気温を操作することで、秋条件で栽培したタネツケバナが春のタチタネツケバナに似ることを示しました。さらに両種を区別する方法を示しました。
Honjo MN, Marhold K, Kudoh H (2020) Experimental evaluation of differences in plastic phenotypes between Cardamine fallax and C. occulta: effects of seasonality on phenology and gross morphology. Acta Phytotaxonomica et Geobotanica 71: 23-32. (Journal)2020.4.17
メンバーを更新しました。
CREST研究員の本庄三恵さんが4月1日より生態学研究センターの准教授に着任され、新しい研究室をひらきました。2020.02.25
業績を更新しました。
アブラナ科草本コンロンソウの自生集団について、RAD-seq法を用いてクローン構造を明らかとしました。
Tsujimoto M, Araki KS, Honjo MN, Yasugi M, Nagano AJ, Akama S, Hatakeyama M, Shimizu-Inatsugi R, Sese J, Shimizu KK, Kudoh H (2020) Genet assignment and population structure analysis in a clonal forest-floor herb, Cardamine leucantha, using RAD-seq. AoB plants12(1):plz080 (Journal)集団分化や局所適応のモデル植物としてのハクサンハタザオについて最新の知見をまとめました。
Honjo MN, Kudoh H (2019) Arabidopsis halleri: a perennial model system for studying population differentiation and local adaptation. AoB plants11(6):plz076 (Journal)2019.11.1
業績を更新しました。
研究員の本庄三恵さんの論文がThe ISME Journal誌に掲載されました。
ハクサンハタザオにカブモザイクウイルスが３年以上継続感染することと、トランスクリプトーム解析によりウイルスに対する防御機構が季節によって変わることが明らかになりました。
京都大学プレスリリース
2019.10.28
研究員の村中智明さんのエッセイが時間生物学会の会誌に掲載されました。時計・リズム・時間のあいだに漂って 時間生物学 Vol.25 No.2 2019 PDF (時間生物学会HP)
2019.9.27
業績を更新しました。
共同研究の論文が出版されました。
タネツケバナは、オオバタネツケバナとコカイタネツケバナとの異質倍数性起源をもつことが明らかになりました。タネツケバナ、オオバタネツケバナ、コカイタネツケバナ、オオケタネツケバナの染色体構成を報告しました。各種の生態写真と生態的分布(Fig. 4)も記載しました。
2019.9.27
業績を更新しました。
研究員の伊藤佑さんの論文がGenes誌に掲載されました。
野外生息地のハクサンハタザオの葉の定期的なサンプリングを行い、全ゲノムDNAメチル化の通年での動態を解析した論文です。
Ito T, Nishio H, Tarutani Y, Emura N, Honjo MN, Toyoda A, Fujiyama A, Kakutani T, Kudoh H (2019) Seasonal stability and dynamics of DNA methylation in plants in a natural environment Genes 10(7) 544 (Journal)
2019.8.2.
Earlham InstituteのJi Zhou先生にセミナーをしていただきました。
2019.4.5
メンバーを更新しました。
2019.1.8
業績を更新しました。あけましておめでとうございます。新年早々にめでたいお知らせです。
Nature Plants誌に論文が掲載されました。
ハクサンハタザオ自然集団の葉を数年に渡って定期的に採取し、野外環境における全遺伝子の発現変化を解析した論文です。
Nagano AJ, Kawagoe T, Sugisaka J, Honjo MN, Iwayama K, Kudoh H (2019) Annual transcriptome dynamics in natural environments reveals plant seasonal adaptation, Nature Plants (Journal)
得られた発現データは Plant Molecular Phenolgy で閲覧できます。みなさまご利用ください。
遺伝子発現例：花成制御遺伝子FLC、概日時計遺伝子CCA1
2018.11.10.
ギャラリーを更新しました。
2018.10.27
業績を更新しました。
卒業生の神谷麻梨さんの論文がMicrobial Ecology誌に掲載されました。
野外のアブラナ科植物複数種を対象にウイルスを調べた論文です。原稿はこちらから。
2018.10.9.
ギャラリーを更新しました。
2018.9.10.
業績を更新しました。
工藤教授の原稿が掲載されたMethods in Molecular Biology: Plant Transcription Factors が出版されました。
野外植物を対象に分子フェノロジーの研究行う手法が紹介されています
2018.8.31.
業績を更新しました。
研究員のMatin Miryeganehさん(現OIST)の研究成果がScientific Reports誌に受理・公開されました。
圃場におけるシロイヌナズナの開花・枯死などの同調について報告しています
2018.4.4.
業績を更新しました。
Biva Aryalさんとの共同研究の成果をまとめた論文がAnnals of Botany誌に受理・公開されました。
伊吹山におけるハクサンハタザオの茎葉撥水性の集団間分化を明らかとした論文です。
2018.4.3.
メンバーを更新しました。
2018.3.26.
M1の湯本源樹さんが生態学会でポスター賞を受賞しました。おめでとうございます！演題：アブラナ科多年草ハクサンハタザオにおける葉面クチクラワックス量の標高二型
今後の活躍も期待しています。
2018.3.23.
研究員の村中智明さんの研究紹介が生態学研究センター機関紙に掲載されました。
生態学研究センターニュース(No.139) 5ページ
2018.2.6.
タネツケバナ・オオバタネツケバナ・ミチタネツケバナについてこれまでの研究を解説した論文が出版されました。
工藤洋（2017） 日本産アブラナ科タネツケバナ属雑草の生物学．雑草研究 62:175-183.
こちらから読めます：J-STAGE
2017.12.29.
ギャラリーを公開しました。
2017.12.27.
北海道大学の大原雅教授にセミナーをしていただきました。
2017.12.4.
第49回 種生物学シンポジウムに工藤教授・嘉美研究員・村中研究員・湯本さんが参加し発表を行いました。
2017.11.23.
研究員の榮村奈緒子さんの研究紹介が生態学研究センター機関紙に掲載されました。
生態学研究センターニュース(No.138) 7ページ
2017.11.20.
伊吹山に調査に行きました。思いの外寒かったです。
2017.11.7.
台湾 中央研究院で開催されたTaiwan-Japan 2017 Plant Biology Conferenceに伊藤研究員・村中研究員が参加し発表を行いました。
2017.10.13.
公開講義 京都大学第83回丸の内セミナー の映像がKYOTO-U Open Course Wareにて公開されました。
「花はなぜ春がわかるのか？ ～季節を測る分子メカニズム～」 工藤 洋 教授
http://ocw.kyoto-u.ac.jp/ja/opencourse/152/20170602
2017.10.11.
研究員の西尾治幾さんの論文がGGS prizeを受賞しました！ GGS prizeは日本遺伝学会の出版する学会誌『Genes andGenetic Systems (GGS)』に掲載された論文を対象として、優れた学術論文１～２編に与えられる賞です。西尾さん、おめでとうございます！
日本遺伝学会ホームページ 受賞論文(J-STAGE)
2017.7.12.
植物科学の最前線 第8巻に神谷麻梨さんの研究をまとめた総説が掲載されました
神谷麻梨・永野惇・本庄三恵・工藤洋. (2017) 野生植物とウイルスの見えない相互作用をRNA-Seqで観る. BSJ-Review_8A2017.6.15.
研究員の伊藤佑さんのご結婚を祝い、セミナーの時にお祝いの品をお渡ししました。伊藤さん、末永くお幸せに。
2017.5.10.
業績を更新しました。
佐藤安弘さん、神谷麻梨さんの論文が受理・公開されました。おめでとうございます。2017.5.09.
メンバーを更新しました。
Welcome to Kudoh lab.
工藤研究室へようこそ！
植物の進化生態学 ─ 植物の適応・進化・多様化の過程に関与する生態学的なプロセスを明らかにすることを目的に研究を進めています。アブラナ科の植物を研究対象とすることによって、分子生態学的研究をおこなっています。