Kei Koba's weblog in CER, Kyoto University ~ Are we on the right track ? ~

| Jan 26, 2006 / 修士論文A4 4枚要旨提出-->IFREE訪問

25日は、環境理工学創造専攻の、修士論文要旨集のための原稿提出日でした。ピリオド。

今日は不二家でケーキを手に入れて、松井号でIFREEに行き、大河内さん、ななこさんにあれやこれやとお伺い。松井君と眞壁さんをおいて、すずかけに戻り（2時間かかるんだよね）、重要な案件をとりあえず片づけ、家へ。これからとにかく頭を使わなくて良い報告書から（兼業報告とか）始める。コメントしなければいけない報告書についても今日中に何とかする。今日は自分の仕事をするのだ。絶対に。。まずは、頭をひねって、亀田さんへのコメントを書いてみた。大園先生がスマートな問題提起をしてくれているので助かる。Gary Polisのやったことを来年度はしっかりと読み直す必要ありだな。

明日は10時まではそんなことを続け、10時から博士論文についての相談を受け、午後は深澤さんの畜産研究についての話し合い。夕方は北海道から来ているはずの保原さんと飲み。

来週PnET合宿が京大であるようなのだが、旅費がすでにない。。。京大水文の伊藤君を訪問したかったのだが、、。あ、まてよ、旅費あるな。。。1日だけでも参加するか。。。あーあーあー

ただでさえ殺人的なスケジュールになっているのだが、その中でも共同研究していて本当に有り難い人々のお誘いは、やっぱり受けてしまう。その状態になると、100%以上は、どこまで行っても100%なのだ！とわけの分からない精神状態になって、もう何がなにやら。といって、授業は僕なりに手を抜かずに最後までやり遂げようと思う。だいたい1回しゃべるのに15時間はかけているわけだけれど、それはそれで仕方ない。手を抜きたくなるけれど、でも、授業をやることで自分自身も新しく勉強していかないと、、と思ってやっているんだけど、正直、授業としての完成度はとても低いと反省もしている。updateされないままだからなぁ。来年はupdateするという取り組みをした方が良いかもしれないが、まぁ、また新しいことをやろうと思うんだろうなぁ。

静岡の方達が申請書を作成してくださり、助かる。この時期、本当に助かる。自分がひとりぼっちでやっているなんて思ってしまって、なんだかむしゃくしゃするときに、空気のように耐えずサポートを有形無形にしてくださっている多くの方のことを、しっかりと思い出さないと。

 

| Jan 24, 2006 / 生物地球化学（南川・吉岡編）

AMPMでご飯を仕入れてからオフィスへ（どうせ昼飯を食べに行く暇はない）。ひたすら授業の準備。途中、クーラー工事に対応。ああ忙しいったら。

宣伝です。北大の南川先生と地球研の吉岡先生が編集なさった、地球化学講座5、「生物地球化学」が発売されました。とくに、南川さんと吉岡さんの同位体についての章は、日本語でほとんどなかった同位体についての解説として、非常に役に立つ内容になっています。詳しい内容は、こちらからどうぞ。吉田研からは8名の購入希望がありました。なんと、今日郵便を取りに行ったら、吉岡さんから献本頂いておりました！ありがとうございます！早速微量元素の章があったので（立ち読みして知ってた）、あべっちに（海草については記述なかったそうだけど）。

どうせだから最新の論文の内容までカバーしようと思いつつ、いろいろ読み進めるのだが。以前も紹介（？）した、硫酸還元の際の同位体分別を硫黄、酸素両方扱ってみましたぜ、の論文について考えていて、Brunnerの博士論文を探して眺めてみたら、ああ、いろいろ考えがあった上で、絞り込まれたのが、GCAの論文だったのか、と。GCAを眞壁さんに送ったら（前に送ってなかったけ？確か永田CRESTコアに送ったときに送ったような、、、）、なんだかツボだった様子。

授業。中川さんのBiogeochemistryとGBCをfeature。来週は最後と言うことで、N2Oについてにしよう。藤原君のためになると良いのだが。

声がれがれで戻ってきて、MATLAB講習まで、深澤君がデータを持って相談に来てくれる。Labileな有機物が分解（嫌気的環境も同時に形成されてしまうほどの分解速度：酸素が消費されるし）-->それなりにこなれた有機物を使いつつ、未だC/Nの高い、不動化phase（heterotrophic world）-->C/Nが下がり、エネルギー不足で、heterotrophicな分解は押さえられ、一方autotrophicな代謝が卓越（硝化：autotrophic world）-->死の世界、、、だよ。ぜったい。

MATLAB講習会。MATLABは行列なんだね！

今日はちょっと早く帰りたかったが、学生さんに頼まれてはいやとは言えない、ということで、あべっちとまかべさん、立て続けに要旨についての相談。今日、11:30まではメイルを読みます（というか、返事するのが11:30までです、、って伝わらないか、、）

電車の中で、Brunnerの論文を読むが、硝酸については議論足りないだろうなぁ。水との交換はそんなに簡単じゃないはずなんだ。でも、もうちょっと読み進めないと。一方で電車の中で寝ておかないと、という思いも。結局ずっと読んでたけど。

報告書を書きつつ、メイルを待ちます。1月いっちゃった、、と嘆いていた頃が懐かしい。いまや、1月って一体？って感じだからなぁ。

明日は何とか頑張って7:30にはオフィスに着くつもりです。つもりです。。。

 

| Jan 23, 2006 / 忙中忙あり

朝、鍵を忘れて、電車1本遅れたら20分もロス。ああ、、朝6時代って急行ないんだよね。7:40に着いたら眞壁大先生がいらっしゃった。

ずっと授業の準備。週末は肩こりで全く動けず。肩凝りって大変なんだなぁ、としみじみ、、じゃない！授業の準備が間に合わないので、朝早くから頑張るのだ。

北大中川さんの論文を紹介しつつ、メタン研究の今後、、みたいな話をしようと思うのだが、GCAのこの印刷中の論文、これが本当なら大変なことだなぁ。大学院の授業だから、最後の方だし、in pressの論文まで授業内容を発展させても良いだろうと思いながら、先週から眺めているのだけれど。しかし、メタンが酸化されるときに、メタンの同位体比はわけの分からない（あまり変わらない、Rayleighでは解けない）変動をするとすれば、土壌のプロファイルって何なんだ？ただの拡散？そして、methanotrophicな炭素インプットに依存する食物網って、解析大丈夫なのかしら。

in pressというか、新しい論文としては、Ralf Conrad大先生のGCBも一応紹介してみる（でも、最後の最後がマニアックすぎる。ギブスエネルギーを安定同位体から測定するだって？）。

あべっち、深澤君、眞壁さん、と相談にいらして、結局家に着いたのは10時過ぎ。このごろ、いろいろと相談のようなものに乗って帰りが遅くなるのが多い。うれしい一方、学生さんはいっぱいいるが、僕自身は一人だけだということも痛感する。どこまで持つかなぁ。

しかし、深澤君のデータはすごい。まじですごい。ほんまにすごい。ゼミを欠席して922にFCRCからゼロックスを移動する。とにかくコピーは出来るようになった！

 

Jan 21, 2006 / 永田先生特別講義などなど

18日は、特別講義だ！その前に予算のあれこれ会議。

13:20から永田先生の特別講義（化学環境学専攻）。いやぁ、とにかくおもしろかった。こんなに真剣に授業を受けたのは初めてだ（だいたい大学院で授業なんて受けたことがなかったし）。

イントロダクション
Microbial Lopop概論
高分子溶存有機物（ペプチドグリカン、タンパク質）の分解過程
生物ポンプと微生物過程
琵琶湖の物質循環を巡るトピックス
微生物多様性について

以下は全く個人的なメモ。

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永田さんのバックグラウンド：大津臨湖実験所での陸水学。生物だけでなく湖をシステムとして考える。

フォーブス「湖はミクロコスモスである」。フォーレンのレマン湖の研究中にmicrocosmosという考えはすでに出ていた。生物、エネルギー、物質のやりとり。「生態系」という概念自体はないけれども。Tansley 1930年代に、生態系というアイディアが提案されたが、最初は陸水が生態系というコンセプトを生み出した。湖は実態として上から固まりとして見える（森林は見えない）。システムが見えると言うこと、そのシステムが統合的な存在であると認識できることと言うのは大事なのかもしれない。

レーウェンフック：顕微鏡を発明して、多くのものを既に記載している（15-16世紀）。

クマムシ（緩歩動物）。ツリガネムシは水質が悪くなると首だけ飛んでゆき、移動して新たな環境を探す。

分裂するにつれて、お互いを避けてゆき、結果として均一分布になったりする。コーラムセンシング？物質の濃度勾配によって距離を認知する。戦略？生理的にどんなことをやっている？

採水というのは大変重要な問題である。ふわふわ層のサンプリングも難しい問題である。

微生物の観察には蛍光顕微鏡が必要。クロロフィルは自家蛍光を発するので、染色しなくても見ることが出来る（たとえば渦鞭毛藻）。成層期には養分が少ないところで、小さな藍藻類（シアノバクテリア）が大発生する。琵琶湖でも夏に出る。養分が枯渇していると、表面積を相対的に大きくするために、体を小さくする。横軸に養分レベルをとると、養分が低いと小さくなる。

光合成もするし、バクテリアも食べる事の出来る（混合栄養）原生動物（鞭毛虫）もいる。

原生動物の単離は、お米粒を滅菌し、海水を入れる。暗所に入れておくと、米とバクテリア、そして原生動物というシステムが出来る。キャピラリーで吸う人もいるが、希釈して単離してゆく。米はじわじわと何かを出すので、何ヶ月も持つ。捕食行動で、食胞をつくり、pHは4.9になり、消化酵素をだしてお食べになる。膜はリサイクルされる。リン脂質の量がバクテリアの増殖を左右。

環境中にもかなりウイルスがいる。サイバーグリーンでCCDでみることができる。バクテリアの10倍くらいいる。90年代には、ウイルスに感染しているバクテリアが外洋でも結構いるということが分かってきた。

バクテリア→鞭毛虫→繊毛虫、バクテリア→ウイルスといったmicrobial loop。

バクテリアの同定の仕方（平板法）　湖水を塗布、培養、コロニーを分離、生理検査、という流れ（コッホ）。

ところが、顕微鏡で見つかるバクテリアのうち、コロニーを作るものは1%以下。培養できない菌がいっぱいいる。顕微鏡で見える菌は死んでいるのではないかと考えられたが、そうではなかった。

カール・ウーズ：生物界の3つのドメイン（真生細菌、古細菌、真核生物）。リボゾームはみんな持っている。変異性が高くない、遺伝子の大きさがほどよいということで、rRNAを用いた。

バクテリアの種の定義：16S rRNA遺伝子が97%以上の相同性、そして、ゲノムハイブリダイゼーションで70%以上の類似性。

DNAがそこにあったということと、それが何かしたのかどうか、ということは別物である。海洋では10の6乗細菌がいる。10の6乗は覚えておく数字。

プロテオバクテリア。βは淡水に、αは海水に多い。でも琵琶湖ではαが多い。生まれ育ちと職業の関係が、physiologyとゲノム配列の関係に似ているのかも。系統樹上のことと機能の関係は、まだ完全なる対応はない。というか、よく分からない。

Pomeroy (1974) Bioscience 24: 499-504 "The ocean's food web, A changing paradigm".

バクテリアの生産や生物量が考えられていたよりもずっと大きいことが示唆された。Hobbieの直接顕微鏡法の開発により、細菌数は1000倍上方修正された（Hobbie et al. 1977）。Wright-Hobbieプロット。

Fuhman and Azam 1982のチミジン法。バクテリアのDNA合成速度を測る。チミジンはヌクレオチド。3H-チミジンを環境中に入れて、取り込み速度を測定することで、DNA合成速度を測定できる。取り込み速度から呼吸の分を補正すると、炭素取り込みを計算できる。BrdU法でやれば、3Hを使う必要がない。

微生物間の食物連鎖（Fenchel 1983）。鞭毛虫が細菌を食べていることが分かった。MEPSに一連の論文が出ている。微生物ループ（Azam et al. 1983 MEPS）。80年代から、JGOFSで微生物ループについての測定が組み込まれる。一次生産の50%が微生物によって消費されている。90年代にはウイルスの役割。細菌数x10。表層から深層まであまねく分布。紫外線でも溶原性から溶菌性へ移行することがある。マイトマイシンという物質は溶菌を促進するので実験することが出来る。細菌生産の10-50%の死滅率。遺伝子の水平伝播にも寄与している？ そして、バクテリアを1つのblackboxではなく、中身を見ることが出来つつある。

バッファーとしての溶存有機物。細菌が無機栄養塩を排出もすれば取り込みもするので単純な分解者ではない。原生動物や細菌からのアンモニウムフラックスの方がが動物プランクトンなどのフラックスよりも大きい。

ストイキオメトリー。　Fn = Uc[Y(N:Cb)-N:Cs] (Fn net flux、Y growth yield、N:Cb bacterial N:C ratio、N:Cs substrate N:C ratio、Uc substrate uptake rate）

bacterial C:N = 5~7、比較的一定。Bacterial C:P = 40~500　大きな変動。ポリリン酸。

DOMの生成機構：原生動物が細菌を食べたときの残りかす。ウイルスがアタックするとホストの一部分がDOMになる。5%程度の生産がDOCになっている。環境条件が悪くなると%が増加する。植物プランクトンからは12%、捕食者からは32%（zooplanktonや原生動物）、ウイルスが5%、一次生産の約半分が放出されてDOCとなっている。グリコール酸説。

微生物群集の定量的な計測が可能になったことにより、物質循環や食物連鎖における役割が明らかになった。溶存有機物を起点として細菌、原生生物・ウイルスへとつながる連鎖系が微生物ループである。溶存有機物の生成は複雑な食物連鎖過程により支配されている。

DOC：オーバーフロー説。NやPが不足している状態でCが足りている状態の時、炭水化物は作るけれど、タンパクなどは作れなくなる。その結果植物は余分な炭素を捨てる。システムを常に駆動させておかないと、パルス的に供給される養分に対当できない。

DOC：固定資産税説（diffusion）。細胞内のアミノ酸濃度はmMで、海水中はnMレベル。ものすごい濃度勾配があるから、常に中のものが出て行ってしまう。だからgeometryでfluxは決まっている。

2日目

DOMの抗分解機構（DOM細菌起源説を巡って）

labileなもの（アミノ酸、糖類など）、semilabileなもの（？）、そしてrefractoryなもの（？？？、例えば1000years以上の回転速度）というように考えられる。平均年齢というのはくせ者で、スペクトルとして様々なものがあるはず。

semilabile DOMは有機物の水平鉛直輸送において重要な役割を果たすかも。

生成と分解が時間的空間的にカップリングしない。大西洋では有機炭素の鉛直輸送の50%程度をDOCがになっている。全球規模での規模も示唆されている。Carlson and Ducklow (1995) DSR。40microMのDOCは寿命のたとえば5000年で、全球にあまねく存在する。それに上乗せしているのがSemilabileで、グラフの線くらいのエリアしかないものがlabile。

Carlson et al. (1994) Nature。夏期に表層にsemilabile DOCが蓄積。冬季の鉛直混合でDOCが表層から深層に輸送され、深層で消費される。サルガッソ海ではDOCポンプによる鉛直輸送が沈降粒子束に匹敵する。

Hansell and Carlson (1998) Nature。DOCの鉛直濃度分布。大西洋より太平洋の方が深層で低い。大西洋のDOCの方が若いはず。アラスカ沖はベルトコンベアの最後なのでDOCはさらに低い。

未同定DOMの組成は？

humic substrateでは？Harvey et al. 1983 Marine Chem。abioticな重合反応。しかし、John HedgesグループによるNMR分析の結果、炭素についてはカルボキシル、窒素はアミド、リンはエステルというように修飾を受けていない官能基がかなりの部分を占めており、腐食説では説明できない。

田上さんによるポーリンの発見。タンパク質の分子量のPAGE解析をしたところ、48kD、39kDと言った、限られた分子量を持つものが発見された。表層でも深層でも発見される。アミノ酸配列を決めるとバクテリア（緑濃菌）の外膜チャネルタンパク質であるポリンと一致することを発見した。つまり、ある種のタンパク質が分解を受けずに選択的に保存される可能性が示唆された。

海水中の溶存アミノ酸の光学異性体分析の結果、D-アラニンが多量に検出された。生物はL体。組成やD/L比からみて、分析過程や海水中のラセミ化では説明できなかった。D-アミノ酸は細菌細胞壁にのみ含まれる成分であり、細菌細胞壁がsemilabileあるいはrefractoryなDOMの起源として重要な可能性がある（Macarthy et al. 1998 Science）。

外膜-細胞壁-細胞膜というバクテリアの3層膜。ポリンはチャンネルタンパクなので、脂質に穴を開けているわけだから、外側は疎水性が強い。細胞壁の成分、ペプチドグリカン。糖がペプチド結合でつながっている。ペプチド鎖のなかにDアミノ酸が入っている。アミノ酸の種類はバクテリアによって異なる。グラム陰性菌とグラム陽性菌。グラム陰性菌はペプチドグリカンが薄い、その代わり外膜を持っている。グラム陽性菌は厚いペプチドグリカンを持っているが、外膜がない。グラム陰性菌が海にはほとんど、陸ではグラム陽性菌が多いので、ペプチドグリカンが多いはず？？

ペプチドグリカンの分解過程。PGを3Hグルコサミン、14Cグルタミン酸、3Hロイシンなどを入れてバクテリアを育てる。Hot SDSで抽出。バクテリアをSDS（界面活性剤）の中でぐつぐつ煮てやる。14CはCO2を3HはH2Oを測定する。糖鎖とペプチド鎖では分解過程が異なる。糖鎖の方がやや分解が遅い。低分子の分解産物（正体不明）が蓄積する。タンパク質と比較して2-10倍PGは分解速度が遅い。堆積物の初期属性過程でアミノ酸のD/L比が増加する現象はよく説明できる。

ポリマーをectoenzymeで加水分解して、LMW-DOMにしてから取り込む（600Daより小さくしないと食べられない）。PGはタンパク質に比べると分解されにくいとはいえ、分解できないというものではない。長期的に残留する理由としては、分子の存在過程、構造（3層構造）などが考えられる。

Nagata & Kirchmanのリポソーム仮説（Advances in Microbial Ecology 1997 15:81-103）

鞭毛虫が消化酵素である酸性ホスファターゼを排出していることを見つけた。プロテアーゼをかけたら、失活しなかった。そこで、ホスファターゼは鞭毛虫の排出する膜物質にくるまれているからプロテアーゼの攻撃を受けないのではないか？ポリミキシンという物質が細菌の外膜に穴を開けるという性質を持っているので、使ってみたら、ホスファターゼが分解された！

リポソームは脂質が水を囲んだ状態になったもので、臨界ミセル濃度を超えると自発的に形成され、鞭毛虫の食胞内の脂質濃度はその濃度を超えます。

膜タンパクと可溶性画分タンパクの分解を比較すると膜は遅い。膜タンパクの膜を溶媒抽出で取り除くと、分解速度は上昇する。膜（脂質）が覆っていることが分解に大きな影響を与えているだけでなく、タンパク質が吸着するだけでも（ラテックスビーズ）かなり分解しにくくなる。ビーズサイズにも分解速度は依存していて、粒子と細菌の衝突確率から説明可能。

海洋の中で分子量分画をすると、大きいものが分解ずらいはずだが、低分子のものがどんどん増えている。限外濾過によって分子量（低分子、高分子）というマトリックスが崩れている？ムラミン酸はバクテリアに特異的な物質なのでbiomarkerとして使えるかも。

海洋炭素循環と微生物群集　生物ポンプの制御機構と診断

湧昇流のあることがクロロフィルに効いている。

エックマン螺旋。琵琶湖でも出たらしい！貿易風＋エックマンで赤道湧昇が作られる。

生物ポンプをフル稼働できれば、今よりもずっとCO2は減らせる！Martin equationを全海洋で使って良いものなのか？

バクテリアの活性についてのprofileを得ることで、セディメントトラップを代用できないか？アイディアはCho and Azam (1988) Nature。

100-1000mの層の中で、バクテリアによる炭素の消費をみると落ちてくるものの50-100%を消費している。Harris et al. DSR 48 2631-, 2001に移流拡散方程式を解く。

琵琶湖の物質循環

琵琶湖の富栄養化が進んでゆくと、生産性が上がり、上から多くのものが降ってきて、溶存酸素が減ってゆく。現在4mg/L、30%位まで下がる。また、水温が上がっている（特に冬）。冬の循環が弱まることが危惧されている。5.5年で1回水は入れ替わる。

80年代以後、水温かなり暖かい。65-87と90-2000で平均1度程度、水温が上がっている。AOUは浅いところともっとも深いところで低くなる。深水層ではAOUは冬に高い。バクテリアの活性も同様。琵琶湖のバクテリアが100の有機物を食べると、88-94がCO2として呼吸で出てゆく。

光が1%まで減少するところを有光層。海だとNO3とPO4がRedfieldにきれいに乗るが(16:1）、琵琶湖では乗らない。リンが出てこない。50:1などになる。おそらくリンの挙動が違うから（limitationがきつい？）

粒子態の沈降フラックスが主要な深層への供給だと考えら得ていたが、溶存態有機炭素が深水層での酸素消費に影響しているのではないか？

湖沼でリンが出てこない。Blomqvist et al. 2004 L&O 40:2206。酸素がなくなってくると鉄とリンが遊離して出てくる。無酸素になると硫酸還元が出来て、HS-やH2Sが出来て、鉄と反応（FeS、FeS2）。H2Sがいっぱい出来るとFeSがいっぱい出来て、鉄水酸化物と結合していたPO4がより遊離するようになる。

琵琶湖では確かにリンが深層で出ている。堆積物では1cmのところでEhが200mV。逆に言えば、表層7mmは酸化的である！そこを突破してPO4が出てくるのか？リンの溶出実験の結果では、実はあまり出てこない？！

蛍光疑似基質法　Hoppe (1991)。リン制限下でAPaseの活性が高くなる。APaseはリン酸モノエステルを加水分解する。

湖底から20m位まで粒子濃度が高くなる（巻き上げ）。そこでAPaseが高くなっている。濃度が高いのに！しかし、バクテリアの数自体は多いわけではない。なぜかAPaseだけが高い！POC vs APaseにきれいな正の相関（PO4とも！）

湖底高濁度層では、APaseによるリン酸生成の方がリン酸吸収よりも大きい！APase沈降説！！！！

アンモニアの再生機構 1995 ：一体誰がアンモニウムを排出するのか、バクテリアはアンモニアを排出するのか、取り込むのか？

琵琶湖の場合窒素源の80%程度はアンモニウムが占める。バクテリアはbiomass大きいけれど、排出量としては小さい。一方ワムシはいっぱい出している。捕食者について、横軸に個体の大きさ、縦軸にアンモニウムの放出速度をとると、log logで負の相関がある。小さくなればなるほど活性が高い。木崎湖でも琵琶湖でも、原生動物が大きなNH4のソースで、バクテリアではむしろシンクである。

横川さん：川では生産量が高いと生物量が高くなっているが、海では生産量と生物量の関係が見えない。

海ではαの生物量が多いけれど、増殖速度には効いていないの。αはクロロフィルと水温、βは水温、サイトファーガはクロロフィルで説明される！

などなど。1日目終わった後青葉台で結構飲む。参加してくれたみんなありがとう！永田さんの苦労話を聞いたり。飲み過ぎた。永田さんはすぐ寝て朝5時に起きてさらにプレゼンテーションを作ってくれたという。感謝感激である。

講義が終わった後、眞壁さんが何とか永田さんを捕まえて琵琶湖の話。琵琶湖の堆積物はやりましょう！ということに。ええ、ぜひぜひ。一緒に途中まで帰り、Hedgesがなくなったのは大きいですねとか、いろんな人が聴きに来てておもしろかったですねとか。

20日。なんだか寒気がして体調が悪い。授業の準備が全く出来ていないのだが、怒濤のようにくるメイルに対応していたら時間はどんどん経ってゆく。1月2月は、修論、博士論文の審査があり、様々な報告書の提出があり、サイボウズに載せることの出来ないおびただしい仕事があり、試験監督がやってきて、もう、目が回りすぎて、逆に回っていることが分からなくなり、自分は落ち着いているんじゃなかろうかと錯覚するような状態なのだが、さて果て、乗り切れるのだろうか。中間管理職を実感するここ数年である。しかし、偉くなったらもっと大変だと思うと、ああ、、皆さん頑張ってください。僕も頑張ります、としか言えないよな。

そんな状態ではあるが、この1週間は行き帰りの電車の中で、論文も英会話もキャンセルして「素数の音楽」を読み続けた。久しぶりに興奮しっぱなしの本だった。すばらしい。文明崩壊も生物時計の本も待っているのだが、当分無理かなぁ。

21日。東京は大雪である。こんな日に雪国の温泉に旅立つ人を見送って、授業の準備を始めようと思うのだが、なんだか調子が上がらない。また、困ったことに、今日になってもニンテンドーDSが手に入らない。様々なところで品薄なのだ。頭を鍛えるためには、しばし、素数でも数え上げておいて頂けないだろうか、母よ。いや、でも、今度実家に行って、リーマン予想がねぇ、なんて言われても困るので、やっぱり何とか手に入れます。

ああ、予算の〆も！そして、3月にはモンゴルのカウンターパートが来日するそうで、やっぱり京大に行く必要あるよな。あーうーえーおー。

 

| Jan 17, 2006 / ま、いろいろと

眠い、、、午前中ひたすらメタンメタンメタン。その間にもいろいろなことが。

授業。そしてMATLAB講習。人に教えてもらうって本当にありがたい。

明日は永田さんの講義です。やっぱりなんとしても全部聞きたいので、いくつかはキャンセルするつもり。

 

| Jan 16, 2006 / 代償

全く生産性の上がらない1日だった。従って明日の授業の準備のため今日は徹夜です。自業自得だな。くぅー。

今日早く帰ったのは、隣のおばちゃんが牡蠣フライ揚げてくれるからです。わーい！ぜんざいも、サラダも、おみそ汁も、野菜のたいたんももらっちゃいました！わーい！しかもむちゃくちゃおいしい！！！

Ralf ConradがH2/CO2とAcの比を計算していた仕組みを今さらながら理解しつつあります。すごいぜConrad！！しかし、Gibbsだけで本当に良いんだろうか。。。そういうものなの？

明後日から、京大永田俊大先生の「最新微生物生態学のすべて」という（勝手に今僕が題した）特別講義がございます。永田さんを2日間拘束して微生物の話が聞けるなんて、本当に夢みたいな気がしてきた。お店どこにしよう。。。

 

| Jan 15, 2006 / メタンデー（14日からずっと）

メタンについての授業をやろうと思っているので、必要な文献などの情報を覚え書き。まだまだ探し切れていない。しかも、今勉強したことをベースに、いろいろ手持ちの論文を見直したら、自分が分かっていなかったすばらしさを発見したり。うーむ。ま、いいか。仕方ない。

MIXIのデュシャントピックで、「泉」の破壊がじわりと盛り上がっている。じわり、と、だけど。

メタン同位体分別の説明になかなかたどり着かない。自分が分かりたい欲求を満たしていたら、このまま行くと火曜日の午前中までかかりそうだ。ま、仕方ないか。おさらいするチャンスだから。

甥っ子と遊びながら「オゾン・コネクション」をようやく読了し、「アオコが消えた諏訪湖」の必要な部分をざっと読めた。「オゾン・コネクション」は、これから何度も読み返すべき本なんだと思う。すでに、大事なページに犬耳折っていたら、折っているページが多すぎて本がなんだかすでにぼろぼろになりつつある。

社会的な規則でもっとも効果的な仕組みは非公式なものである。(pp291）

これは効いた。最後の最後にあるように、オゾン層保護については学ぶことはたくさんある。まさに、問題となるのは、「我々は学ぶことを望んでいるのか」、そうだよなぁ。

Google Desktop、pMMOとかsMMOとか、abstractに載ってこないようなtermを検索するのに威力を発揮してます。Google ScholarとWeb of Scienceを併用するようにEndnoteとGoogle Desktopを併用してゆこうと思いますです。 授業のpptにもindexとしてちょっとテキスト情報を補完しておくといいのかな？

 

| Jan 13, 2006 / 永田CRESTセミオープンシンポ第二日目

シンポジウムに参加しつつ、授業準備。Methanotroph type IとIIか、、あ、Methanotrohpでも、酢酸や糖を使えるやつが発見されている、、むむむ、、、たしか、Type iとIIのCH4濃度反応性が違うから、、って論文がNatureにあったような、、、確か鈴木大先生に見せてあれやこれや言ったことがあるような、、、、あれ、、、データベースにはないなぁ、、うーん。。。

今日の論文は、もちろんこれにつきます。植物から酸化的な環境であっても発生しちゃうメタン。酸素があろうが、ガンマ線当てようが、どんどん出てくる。しかも、C3とC4からのメタンがちと今までと違うsystematicsで生成しているらしい。たぶん、今まで考えられていないようなプロセスから。植物はN2OもCH4も出しているって事ですか。

昨日宮島さんと話したこと。例えば、47CO2の測定、まずは頭で、47を測ればおもしろいかもしれない、と理論立てて、実際にmassをtune-upして（それは簡単なことではない）、実際に測定して、実際に測定結果を理論と比較して、、。新しいことを始める、その始めるまでの頭の回転は大変なものだと思う。今回のメタンだって、本当ならば、大変なことだ。しかし、植物を一生懸命培養して、しかも同位体まで測定する、その流れに乗るまでは、試行錯誤および遊びの段階がだいぶあったに違いない。すごいよ。

東京にいらした某先生と22時過ぎまで飲み。いろいろと刺激的な話をば。

 

| Jan 12, 2006 / 永田CRESTセミオープンシンポ第一日目

昨日は、午前中は生産性の上がらない一日だった。大阪市立大に送るNH4サンプルをパッキング、戻ってきてamino sugarについてあれこれ考え、三橋と電源が！！とか言っていたらお昼が過ぎた。でも、その後ふっちゃん、あべっち、まかべの要旨を見たり、専攻会議でいろいろやったり、新年会で上野さんのおめでたい話を聞いたり、午後はなんだか良い日だった。

今日はお台場でCRESTの集まり。虫明総括から、第3期科学技術基本計画にまつわるお話など（メモがとれなかったが大変興味深かった。たぶん、ここの情報でfollow-up出来るはず）。あとはここね。

その後、何となく「同位体」がkeywordになるプロジェクトが3つ。永田さんと大手さんがご発表。いやぁ、第一印象が悪い人って、好きになると、たまらなく好きになるかもしれませんよねぇ〜（何の話？）。「東工大の吉田さんのところでやっているアイソトポマーはどうなってるんだ！」といきなり言われてあたふた。

その後、幸運にもコアメンバーが全員集まっているので、お昼を挟んでいろいろと情報交換。お昼、和田さんといろいろと。お久しぶりです。いろいろとおもしろい話を聞かせてもらう。確かに、「足並みそろえて」「社会のニーズに対して説明できること」が、どれだけ出来るか、ですよね。資金獲得は戦いですからね。

モンゴルをどうするか、ボルネオをどうするか、アミノ酸、DON、DOC、、、話は尽きない。出版、論文、CRESTの中での我々の役割。

途中、携帯メイルで吉田さんと上野さんにメイル。すみません。携帯電波が、、

水循環の最適解、というものはかなりの幅を持っているはずのものだ、というのが今日一番響いた。

帰り、懇親会に出ない宮島さんと二人で帰る。biogeochemistryの中のchemistryが支配する世界が同位体に現れている、というアイディアはおもしろいです、宮島さん！さすがだなぁ。。。

とにかく頭がリフレッシュして刺激された。明日も聴きに行く。10月にプロジェクト中間報告。それを乗り切らないとまずい。今年は、CRESTが10月に継続についての審議、ISIがあって、さらにSORSTが来年の1月報告会、そして自分の任期も切れる、すごい年だ！頑張らないと、、

 

| Jan 10, 2006 / いろいろ

朝7時過ぎから授業準備の続き。目当ての本がいったいどこにあるのか分からなくてタイムロス。ひたすらスキャンするが、使えないものも多い。Minagawa and Wada (1984)はやっぱりすごい。

授業。食物網。Vander Zanden、Rasmussen、Post、Polis、高津君、陀安さん、高井さん、吉井さんの研究例など。次は、窒素固定とメタンにしよう。窒素固定はMontoyaのΔδまで、メタンはいろいろ話さなければならないトピックがある。窒素固定が難関か。

その後ミーティング。その間もその後もいろいろと。ああいろいろと。

DayCent関係から連絡がこない。不安だ。。。DNDCでとりあえず回るsimulationをつかって、メタン、N2Oの同位体比simulationという方向性だけでも示すべきだろうか、2/28が最終報告だ。。。まずい。。一度コロラドまで飛ぶべきかもしれない。なんにせよ。。というか、このごろ、いろんな連絡を待っていて、正直待ちくたびれている。

みんな！朝登校したら、916のストーブをつけるんだ！

 

| Jan 9, 2006 / 授業準備はずっと続いていますが、、、

ええい、覚え書き

炭素循環研究での13C利用ケーススタディは？

  • 光合成（C3、C4、水利用効率）
  • allochtonous vs autochtonous (spelling?)
  • C3 plants vs C4 plants　（食物網、土地利用変化、CO2）
  • 化石燃料と光合成と呼吸とCO2
  • バイオマーカー
  • ああ、、いっぱい

窒素循環研究での15N利用ケーススタディは？

  • 窒素固定
  • 脱窒
  • 外部循環 vs　内部循環
  • うわぁ、いっぱい（しかも微妙）

複数同位体を用いたケーススタディは？

  • 食物網（Hobson、Yoshii、Takai、Polis、Post、Montoya)
  • tracerabilty（コカイン、ワイン）
  • 高津君菌根論文
  • 硝酸、メタン、N2O、
  • とくに、水同位体、天水線、蒸発散、吸水深度、residence time、ice core、、、

うーん。これは、1トピックで1日使っちゃいそうじゃないか。。。それもいいか。。

VMWare Playerですが、ここからRedHatのVMをdownloadしてみたのですが、何故か上手くいかず、仕方がないので、 BAVMを導入して、設定ファイル（.vmx）の中を、一応（多分いらない？）、redhatとして、isoイメージからでなく、今回は古いRedHat9をCDから入れたので、auto detect、cdrom-rawというもの達、そのまま。VMware Playerをたちあげて、F2を連打し、BIOSでCDから立ち上げるようにして（numlock使わないと入らない）、再度起動。このとき、PlayerでCD-ROMがactiveになっていなかったので、CDにアクセスせず、ubuntuが立ち上がってしまって困った（ubuntu、ちょっとかわいい。色がかわいい）。

たしかに、webでの様々な情報のやりとりがさらに行われるようになってきたら、情報をしっかり消すと言うことの重要性は増してゆくんだろうけれど、今、VMWare Player＋Browser Applianceをわざわざ立ち上げてamazonでお買い物、、は、、、しないなぁ、、、。

で、今CDをかしゃかしゃ読み込んで頑張ってインストールしてくれています。頑張れT40！。上手くいってくれるといいけど。さすがにこのところ使っていた4年、5年前のLaptopと比べるとT40のインストールの早いこと！おおヨシヨシ！ビデオチップはATI MOBILITY RADEON(AGP 4X)でした。A6Jをカスタマイズしたんでしたね。そうでしたそうでした。X40のVMWare Workstationをvertion5にupdateしたのはいいんだけど、シリアルナンバーをオフィスに忘れている、、ああ、、、

たとえば、土の中の炭素について、13Cがどのように使えるか、トピックを挙げてみると？

  • C3植物由来とC4植物由来
  • 古環境（水環境）
  • リグニンとセルロース、リピッド（でもリターバッグではだめ？）
  • 使いやすい有機物と使いにくい有機物（出てくるCO2）
  • 分解に伴う13C濃縮（実は分かっていない）
  • メタン生成（酢酸か、CO2/H2か）
  • メタン酸化
  • 菌根菌と腐朽菌
  • 土壌呼吸と植物の呼吸の分離
  • DICとCaCO3
  • DOCの性質（NMRというわけではなく）

ふむ、、、とはいえ、本当に、分かりやすいもの（というよりも、はっきりとした、定量的な議論が出来るもの）というものはとても少ない。それが同位体のまだ発展途上なところなんだよなぁ。

とりあえず、水同位体で行ってみることにします（9日9時現在）。スキャンしたファイルがオフィスのPCだし、やっぱやめようかな。窒素なら手元にたくさんあるし、、（12時現在）。手元にないやんか！陀安さんのシロアリ窒素固定論文とか！！食物網でも入れておこうか、、（13時現在）

 

| Jan 6, 2006 / 奈良君D論発表会＋環境理工学創造専攻新年会

寒いので、お風呂に入ってから出社しましたが、それでも寒いのです。G1は。

午前中はずっと博士論文読み。だいたい質問まとまった。12時から13時半まで審査。その後奈良君の発表を聞く。その後専攻会議。修一先生が審査でいらしていたので、二人で戻ってG1-922でおちゃ。みんなもいてわいわい。青森のお酒を送ってくれるそうだ！約束ですからね！那須君と小森君がホワイドボードを設置してくれる。ありがたい。これでMATLAB講習会でも使えるし！

博士号取得に向けての流れを簡単に書いておこう。誰も教えてくれなかったから、自分が学生の時はわけが分からなくて大変だった。

環境理工創造専攻では、まず、ある一定の業績が出たときに、博士論文中間報告会（1時間程度の発表）を開催し、博士論文はこの方向で良いでしょうか、という方向性についての検討をして、検討内容を専攻会議でかけ、お許しをいただく。いただかないと次のステップには進むことが出来ないし、頂いた後ある一定の時間が経ってしまった場合は、再度開催する必要がある。

さらに業績が固まった上で、博士論文の仮執筆（というか下書きというか）と発表会を行う。発表会で、発表内容、論文下書きの内容についてのコメントをいろいろいただき、司会教員・審査候補教員の間で審議の上、専攻会議に回してよい、ということになれば、専攻会議にかけ（次回、11日）、会議において、発表会の状況について司会教員、審査候補教員から発表があり、それをふまえた可否投票にて、博士論文の審査を行ってよいかが審査される。OKが出た場合、博士論文の審査教員が正式に決定され（5名以上：細かな規定がある）、論文の執筆を進め、前回の発表会でのコメントに対して解答を作成し、最終試験を行う。先生方の判断がそこでなされ、最終的な方針が定まったところで、専攻会議にかける。そこで、最終的な状況の発表があった上で、可否投票を行い、博士号受理の仮決定がなされる。さらに、仮決定内容を、教授会にかけ、講師以上の構成員参加、定足数を満たした状況での審議が行われ、最終的な博士号受理が決定される。

、、と、大変なんですよ！修士論文もこれほどではないですが、大変なんです。必ず、必ず締め切りなどを守ってくださいね。大学院教員として最も大事な仕事ですからね、修論、博士論文というものは。こっちも頑張ります。

新年会。何故か司会（なぜか、ではないんだけど）。修一さんとゆっくり話せるときってこんな時しかないのでいろいろ話をする。楽しい。中華料理で鍋が出てくるのは？？まぁおいしかったから良いけど。

連休は、授業の準備で大わらわ。同位体がどのように使えるかというケーススタディをまとめたいのだが、ありすぎて困る。学生さんの興味に即したものに本当はしたいのだが、そうするとかなり細かい話になってくるので、いろいろと教えていないことが出てくるはず。さて、どうするか。。。

1つ、さんざん迷った（というか年を開けてから迷いが深まっていった）とある案件を、passすることにした。後から後悔しないという覚悟が出来たので。

鈴木さんとアラスカに今年行くならば、3月1日のLTER Meetingまでにスケジュールを確定しておかなければならない。そのためには、2月の15日くらいまでには、旅費の確保が必要で、旅費の確保のためには、プロジェクトリーダーに、アラスカ行きを説得できるだけのプロポーザルが必要だ、ということを鈴木さんに伝える。特に、博士課程の人は、全員、2/28の全体報告会において、吉田先生とJSTの方に、来年度必要な計画、そしてその概算を示す準備をしておくべきだ。来年は最終年度で、基本的には拡張はしない。なぜ、自分の研究の実施が必要なのか、しっかりプレゼンテーションして欲しい。

といいながら、自分としてもどうしてもアラスカに行きたい！どうしても取りたいデーター（というかサンプル）があるのだ。鈴木さんの手伝いをしている合間に（というか夜中に）、Imnavait Creekに行って、どうしても植物サンプルをごそっと取ってきたいのだ。しかしそれはSORSTではないのだ。。。

T40とはまだまだ格闘しています。解放した領域が上手く認識されない。BIOSでIBMのUtilityをdisabledにしたのだが、さてはて。そしてVMWare Playerは上手く動かない。なぜだろう。仕方ないから、仮想OSのコピーはあきらめて、RedHatを落としてみるか。どうせgcc3が必要なんだし。

しかし、PCというものはメンテナンスしないと、いや、とにかく気を遣ってやらないと不調になるもんだ。そういう意味では「家電」レベルではないのだが、それをどれだけの人が理解しているんだろう。壊れた　と　壊した　では、いろいろなことが違うんだけど。今僕は壊している、、。

ボート部友人にMATLAB家庭教師をお願いした旨を吉田研にアナウンスした。火曜日は授業なので、授業した後に「おれも何か教わりてぇ〜」という欲求をこれで満たすことが出来るってもんだ。社会人の仲間達はみんな時間とコストを払ってでも新しいことを習うための努力をし続けている。外国語や、LECや、着付けや、フィットネスや、と。お金は使うときに使わないといけない、ということなんだろう。書籍を買うのを数ヶ月控えて、家庭教師代に当てるつもり（出来るのか？）。昔食費を抑えて飲み代にしていたよりは、だいぶましだよね？！

 

| Jan 5, 2006 / 密葬されそう

わけの分からないタイトルですが、それくらい寒いんです。G1は。午前中人気ないし（みんな大丈夫なんだろうな）。

SutkaさんのAEMの論文、リンク間違っていました。直しました。ここでした。N2Oのisotopomer ratioをやっている人（って、世界で何人？）は必読です。

朝から審査する博士論文と、コメントを求められている論文を読みつつ、あれやこれやと仕事。ようやく郵便を出すことが出来た。郵便の手続きやら、なにやら、全てが引っ越しでままならない。落ち着くのはいつなんだろう。早く軌道に乗せないと。

午後からは博士論文の公聴会が1つ。「最適」ってなんなんだ、とか言うコメント。そのあと、修士論文審査候補者のリストを仕上げる（といっても99%は三橋さんが作ってくれている）。これを明日忘れると大変なことになる、、、

明日はもう一つ審査する博士論文の公聴会があり、奈良君の公聴会があり、環境理工学創造専攻の専攻会議があり、専攻の新年会があり、、です。今から必死に論文を読みます。ではでは。といいつつ、愛機Thinkpad T40のDtoD領域を削除して、VMWare Playerを動かせる領域をリスク覚悟で確保しております。。やっぱり4年や5年前のlaptopだとlinuxでも結構遅くてつらい事がよく分かったので、T40様に家では頑張って頂かないと。たとえVMWareで遅くなるとはいえ、ずっとまし。のはず。たのむ。おねがい。こわいよー。

 

| Jan 4, 2006 / 仕事始め

古いPCにFedora Coreの古いバージョンを入れつつ、年末年始をかけて悩みに悩んだ査読をまとめ、シミュレーションモデルについての質問を半年ぶりにコロラドにぶつけ、明日から始まるD論審査に向けて下書き論文を読んでいます。D論の審査が2つ（1つ減った）、M論の審査は、、、数えないことにします。師走以上に大変です。1月から2月にかけては本当に大変です。皆さん、健康に気をつけて頑張りましょう。

それにしてもG1は寒い！そして、PCは立ち上がらない、、あれ？？

今日の論文たち

Y君の投稿しようとしている論文がとってもおもしろくって読み進めたいのだが、、誘惑に負けちゃいけない！

家庭教師を雇おうと思っています。勉強しなきゃならないことが多すぎるので！そして簡易ベッドを買いました。アマゾンの配達先をG5-12のままにしていたので、明日取りに行かないと。。

 

| Jan 2, 2006 / あけましておめでとうございます

皆さま、本年もよろしくお願い致します。

VMWare playerをいれて、家にある3台のPCでsimulationをいろいろと走らせないといけないし、Wikiもどこかで立てないといけないなぁ、ということで、とにかく今日は、ずっと時間がなくて出来なかったインストール大会を終えて、明日は、査読と論文コメントを何とか。。あれ？なんだかvirtual machineのスナップショットがおかしいって？！うーん、、。 。。

寒いですね